La chiesa che si trova nella frazione di Loreto sorse con il titolo di Santo Stefano; nel secolo XV, avendo una fonte battesimale che veniva utilizzato per tutto il territorio circostante, cambiò il titolo in S. Giovanni Battista.

Della chiesa non si conoscono le origini, ma tutti gli autori concordano sulla sua esistenza in tempi remotissimi per gli elementi architettonici ritrovati all’interno, forse fin da quando si cominciarono a stabilire chiese cristiane.
Della chiesa si hanno notizie sin dal 1235, perché citata in una pergamena conservata nell’archivio Armanni, ma altresì importante è la data e l’iscrizione incisa su una pietra sulla parete di destra della navata, dove si può leggere che don Michele, curatore del Convento (cioè amministratore del Monastero di Camporeggiano da cui dipendeva), ricostruì la chiesa nell’anno del Signore 1233. Questo significa che la primitiva chiesa, fu costruita nella prima metà del secolo XI e fu successivamente distrutta da qualche evento calamitoso di cui non si hanno notizie; forse era crollatala la volta a botte che, come era in uso nell’edilizia religiosa romanica, mancava di controspinte nelle pareti laterali.

Don Michele, molto intelligentemente, nella ricostruzione della chiesa vi comprese anche la cripta che era rimasta della vecchia costruzione e che secondo gli esperti è la parte più interessante dell’ intera costruzione. 

Il primo a parlare di questo eccezionale monumento fu D. Quirico Rughi in un articolo pubblicato il 20/8/1954 su “Il Messaggero”. Nell’articolo D. Quirico descriveva come aveva trovato il locale: interrato fino a mezza altezza, senza altare e con una vasca rettangolare sul pavimento, tanto da fargli ipotizzare che l’edificio fosse stato utilizzato come Battistero per l’amministrazione del sacramento con il rito per immersione.

La parrocchia, come risulta da un documento dell’archivio Armanni, fin dal 1200 era pievania (cioè aveva il fonte battesimale e il parroco era chiamato Arciprete). Il primo Arciprete che conosciamo è don Consiglio. 

L’estensione della parrocchia era ed è molto grande, ventisei-ventisette miglia di perimetro. In più avendo l’unico fonte battesimale, riscuoteva le decime delle famiglie di Nogna, Burano, Salia, S. Benedetto Vecchio, Nerbisci e Monteleto. 

La datazione della cripta trova discordanti gli studiosi: alcuni (Martellli) riferiscono caratteristiche simili ad altre cripte umbre databili alla metà del secolo XI; altri ritengono che sia coeva alla chiesa, quindi databile al XIII secolo. Nella costruzione della cripta e della chiesa fu utilizzato materiale di epoca romana; anche all’ingresso l’acquasantiera è posta su una parte di un fusto di una grossa colonna scanalata di origine romana. 

La chiesa subì un intervento radicale nel sei/settecento: venne intonacata ed abbellita da stucchi sugli altari laterali e sul presbiterio ed a quel periodo certamente si riferisce la costruzione del nuovo campanile sopra l’abside in sostituzione del piccolo campanile a vela sulla facciata.